Sistem pembayaran yang dianut oleh program JKN menimbulkan potensi kecurangan. Sistem pembayaran kapitasi dinilai tidak adil. Kapitasi yang diberlakukan dianggap tidak sesuai dengan biaya yang dikeluarkan oleh penyedia layanan kesehatan di tingkat primer. Asumsi ini menimbulkan penyedia layanan kesehatan berlaku curang atau yang saat ini kita kenal dengan fraud.
Untuk mengendalikan kecurangan dalam program JKN, Pemerintah telah megeluarkan kebijakan melalui Peraturan Menteri Kesehatan nomor 36 tahun 2015 tentang Pencegahan Kecurangan (fraud) dalam Pelaksanaan Program JKN pada SJSN. Peraturan ini diharapkan mampu mencipakan program JKN yang efektif dan efisien sehingga tidak menimbulkan kerugian bagi jaminan sosial nasional.
Dalam Permenkes nomor 36 tahun 2015, diuraikan berbagai potensi fraud yang terjadi di FKTP. Potensi fraud yang terjadi di FKTP mulai dari 1) memanfaatkan dana kapitasi tidak sesuai dengan ketentuan peraturan perundang-undangan, 2) memanipulasi klaim pada pelayanan yang dibayar secara nonkapitasi, 3) menerima komisi atas rujukan ke FKTRL, 4) menarik biaya dari peserta yang seharusnya telah dijamin dalam biaya kapitasi dan/ atau nonkapitasi sesuai dengan standar tarif yang ditetapkan, 5) melakukan rujukan pasien yang tidak sesuai dengan tujuan untuk memperoleh keuntungan tertentu, dan 6) tindakan kecurangan lainnya selain 1 sampai 5.
BPJS sebagai pembayar harus memahami jenis-jenis farud untuk menghindari kerugian dana jaminan sosial , maka staf MPKP BPJS kesehatan bekerjasama dengan Pusat kebijakan dan Manajemen Kesehatan (PKMK) FK UGM untuk meningkatkan pengetahuan staf MPKP BPJS dalam pencegahan, deteksi, dan penindakan fraud dalam layanan kesehatan pada era JKN.