Program sister hospital adalah suatu program kemitraan antara Rumahsakit (RS) besar di luar NTT yang dipandang mampu menjadi mitra RSUD di NTT dalam rangka membantu percepatan penurunan angka kematian bayi dan ibu. Hal ini dikarenakan angka kematian ibu dan bayi di NTT merupakan salah satu yang tertinggi di Indonesia. Program ini digagas oleh Kemenkes, propinsi NTT bersama PMPK FK UGM sebagai konsultannya dan pendanaan program ini dibantu oleh AIPMNH (Australia Indonesia Partnership in Maternal and Neonatal Health).
Program ini sudah berlangsung sejak Juli 2010. Pada awalnya melibatkan 4 RS pendidikan dan 2 RS swasta, yaitu RSUP Dr Wahidin Ludirohusodo Makasar, RSUP Sanglah Denpasar, RSUP Dr Sutomo Surabaya, RSUP Saiful Anwar Malang, RS Bethesda Yogyakarta dan RS Panti Rapih Yogyakarta. Berturut-turut RS tersebut bermitra dengan RSUD Larantuka, Flores timur, RSUD Waikabubak Sumba Barat, RSUD Soe Kabupaten Timor Tengah Selatan, RSUD Bajawa dan RSUD Ende. Karena kesulitan mengirimkan dokter spesialis, setelah 6 bulan berjalan RS Bethesda berhenti bekerja sama dan dilanjutkan oleh RSUP Dr Sarjito Yogyakarta. Setahun kemudian RSUP Dr Cipto Mangunkusumo Jakarta, RSUP Dr Kariadi Semarang, dan RSUP Harapan Kita Jakarta turut bergabung dalam program ini.
Tujuan utama program Sister Hospital adalah mendampingi RSUD di NTT dalam memberikan PONEK 24 jam (Pelayanan Obstetri dan Neonatolgi Komprehensif) melalui 4 hal utama: 1) penyediaan tenaga dokter spesialis kebidanan dan kandungan (SpOG), dokter spesialis anak (SpA) dokter spesialis anestesi (SpAn) dan tenaga laboran untuk bank darah, 2) capacity building, 3) penguatan sistem rujukan, dan 4) mengirimkan dokter untuk pendidikan dokter spesialis di 3 bidang spesialis diatas untuk wilayah kemitraan masing-masing.
Dasar pemikiran utama program ini adalah penyebab utama kematian ibu melahirkan adalah perdarahan, sementara penyebab utama kematian bayi adalah infeksi dan BBLR. Penyediaan dokter-dokter ahli tersebut diharapkan dapat meningkatkan kualitas pelayanan kesehatan ibu melahirkan dan bayi baru lahir sehingga dapat menurunkan angka kematian ibu dan bayi. Program ini tidak hanya mengirim tenaga ahli untuk PONEK 24 jam, tetapi juga melakukan pendampingan manajemen dan leadership rumah sakit secara umum.
Karena terbatasnya dokter spesialis yang tersedia, maka untuk menjamin keberlangsungan program tersebut dikirimlah dokter yang sedang menjalani pendidikan lanjut spesialis yang sudah di tahun akhir (disebut residen senior). Residen senior ini pada kenyataannya sudah memiliki kompetensi spesialisasi dibidangnya masing-masing, namun belum diwisuda sebagai dokter spesialis karena biasanya masih ada beberapa tugas akademis yang perlu diselesaikan.
Tidak dapat disangkal bahwa program sister hospital berdampak positif bagi pelayanan kesehatan ibu melahirkan dan bayi baru lahir. Karena sejak program sister hospital dicanangkan pada Juli 2010, jumlah pengunjung RSUD di NTT meningkat. Selain itu, kualitas pelayanan yang diberikan dalam bidang persalinan dan bayi baru lahir pun meningkat. Sehingga secara keseluruhan program ini telah berkontribusi menurunkan angka kematian ibu dan bayi. Masyarakat pun mendapatkan manfaat dari program ini.